虛擬放映

虛擬放映

虛擬篩選 (VS) 是一種用於藥物發現的計算技術,用於搜尋小分子庫,以識別最有可能與藥物標靶(通常是蛋白質受體或酵素)結合的結構。與傳統的實驗高通量篩選(HTS)相比,VS是一種更直接、更合理的藥物發現方法,具有成本低、篩選有效的優勢。虛擬篩選可用於回顧性研究或前瞻性研究。

在前瞻性研究中,VS 技術透過選擇大型資料庫化合物進行篩選(實驗確認),為發現新型活性物質提供了一種快速且經濟的方法。此外,對於無法獲得常規高通量篩選(HTS)資源的小型公司來說,此類方法對於選擇用於內部篩選的分子至關重要。高通量對接方法的改進和最佳化導致了實驗數據再現和命中率的提高,驗證了它們在命中識別中的用途。實驗性 HTS 的典型命中率範圍在 0.01% 到 0.14% 之間,而前瞻性虛擬篩選的命中率通常在 1% 到 40% 之間。

產品目標公司
多佐胺碳酸酐酶Merck Sharp and Dohme(英國哈洛)
雷倫扎神經氨酸酶Biota(澳洲墨爾本)
羅466240凝血酶羅氏(瑞士巴塞爾)
產品目標公司
沙奎那韋HIV蛋白水解酶羅氏(英國韋林)
AG85、AG337、AG331胸苷酸合成酶Agouron(美國加州拉霍亞)
格列韋卡P.T.K.諾華(巴塞爾)

TargetMol在電腦輔助藥物設計(CADD)方面具有優勢,TargetMol可以透過AlphaFold2高精度、快速地計算預測蛋白質結構,並根據我們的化學資料庫提供基於標靶或小分子結構的虛擬篩選服務,以篩選出潛在的化合物在以後的實驗測試中很可能會活躍。

使用電腦輔助藥物設計進行虛擬篩選

可用的虛擬篩選服務類型

[手風琴]
[手風琴標題=“基於分子對接的虛擬篩選”]

基於分子對接的虛擬篩選製程流程圖

分子對接是結構分子生物學和電腦輔助藥物設計的關鍵工具。對接旨在預測感興趣的受體標靶結合位點內小分子的結合模式和親和力,支持研究人員了解與結合過程相關的主要物理化學特徵。對接方法透過組合和優化空間、疏水性和靜電互補性等變量,並估計結合自由能(評分),將配體安裝到結合位點,以預測特定受體結合位點內小分子的實驗結合模式和親和力目標。對接可用於對大型化合物庫進行虛擬篩選,對結果進行排序,並提出配體如何抑制標靶的結構假設,這在先導化合物優化中非常有價值。基於分子對接的虛擬篩選(DBVS)已成為藥物發現日益重要且不可或缺的工具。 DBVS 的應用已導致許多具有新分子實體的新活性化合物的鑑定。

我們通常採取3輪篩選程序來確保結果的準確性:1)。藥物相似性篩選; 2)基於對接的虛擬篩選; 3)。由經驗豐富的藥物發現科學家進行手動篩選。

人工篩選是根據分子對接評分,同時考慮藥物結合位點的3D結構特徵(氫鍵、疏水性和親水性等)來選擇具有高結合親和力的命中。參考現有藥物的結構活性關係,努力保留重要且保守的分子相互作用的候選化合物,並拓展更多新穎的核心結構化合物。然後將進行聚類分析以選擇排名靠前的命中以用於以後的實驗測試。

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[手風琴標題=“基於藥效團的虛擬篩選”]

基於藥效團的虛擬篩選(PBVS)是一種基於配體的藥物設計,目前是一項成熟的技術,在藥物化學實驗室中得到了很好的接受。從根本上來說,其核心思想是基於建立藥效團模型,該模型是「空間和電子特徵的集合,是確保與特定生物靶結構實現最佳超分子相互作用並觸發(或阻止)其生物反應所必需的」。由於其抽象性和簡單性,3D 藥效團模型代表了用於虛擬篩選大型化合物庫的有效過濾器。 PBVS 通常用作 DBVS 的補充方法,用於預處理小分子資料庫(文庫),以去除不具備已知對於結合或透過對接方法選擇的後過濾化合物所必需的特徵的化合物。

在PBVS運作過程中,根據客戶提供的1個或多個活性小分子的活性構形建構共享特徵藥效團模型。然後根據大型化學庫篩選該藥效團模型,並將映射該模型的分子收集在虛擬命中清單中。這些分子滿足模型的要求,因此很有可能在實驗測試中發揮作用。一些藥效團作圖軟體可以提供定量預測活性的方法,例如 3D QSAR 藥效團模型。

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Targetmol 虛擬篩選的優勢

  • 做强做精做久。 我們的團隊:Targetmol擁有一支經驗豐富的篩選團隊,擁有超過10年的計算藥物開發經驗,確保虛擬篩選結果的可靠性和專業性。
  • 豐富的化合物庫:超過20,000種固體化合物,分佈於170多個化合物庫,滿足不同客戶的需求
  • 有競爭力的價格:每個標靶和分子對接成本不到 0.01 美元!
  • 完善的售後服務:
  • 快速採購陽性化合物,提供活性檢測服務。

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