虚拟放映

虚拟放映

虚拟筛选 (VS) 是一种用于药物发现的计算技术,用于搜索小分子库,以识别最有可能与药物靶标(通常是蛋白质受体或酶)结合的结构。 与传统的实验性高通量筛选(HTS)相比,VS 是一种更直接、更合理的药物发现方法,具有成本低、筛选有效的优势。 虚拟筛选可用于回顾性研究或前瞻性研究。

在前瞻性研究中,VS 技术通过选择大型数据库化合物进行筛选(实验确认),为发现新活性物提供了一种快速且经济的方法。 此外,对于无法获得常规高通量筛选 (HTS) 资源的小型公司而言,此类方法对于选择用于内部筛选的分子至关重要。 高通量对接方法的改进和优化已导致重现实验数据和获得的命中率有所改进,从而验证了它们在命中识别中的用途。 实验性 HTS 的典型命中率介于 0.01% 和 0.14% 之间,而预期虚拟筛选的命中率通常介于 1% 和 40% 之间。

产品目标公司
多佐胺碳酸酐酶Merck Sharp and Dohme(英国哈洛)
雷伦扎神经氨酸酶生物群(澳大利亚墨尔本)
Ro466240凝血酶罗氏(瑞士巴塞尔)
产品目标公司
沙奎那韦HIV蛋白水解酶罗氏(英国韦林)
AG85、AG337、AG331胸苷酸合酶Agouron(美国加利福尼亚州拉霍亚)
格列韦卡PTK诺华(巴塞尔)

TargetMol在计算机辅助药物设计(CADD)方面具有实力,TargetMol可以通过AlphaFold2以计算方式高精度、快速地预测蛋白质结构,并根据我们的化学数据库提供基于目标或小分子结构的虚拟筛选服务,以选择具有潜力的化合物很有可能在以后的实验测试中活跃起来。

使用计算机辅助药物设计的虚拟筛选

可用的虚拟筛选服务类型

[手风琴]
[手风琴标题=“基于分子对接的虚拟筛选”]

基于分子对接的虚拟筛选工艺流程图

分子对接是结构分子生物学和计算机辅助药物设计的关键工具。 对接旨在预测目标受体靶标结合位点内小分子的结合模式和亲和力,支持研究人员了解与结合过程相关的主要物理化学特征。 对接方法通过组合和优化空间、疏水和静电互补等变量,将配体装入结合位点,并估计结合的自由能(评分)以预测特定受体结合位点内小分子的实验结合模式和亲和力目标。 对接可用于对大型化合物库进行虚拟筛选,对结果进行排序,并提出配体如何抑制靶标的结构假设,这在先导化合物优化中具有无可估量的价值。 基于分子对接的虚拟筛选 (DBVS) 已成为药物发现中越来越重要和必不可少的工具。 DBVS 的应用导致鉴定了许多具有新分子实体的新活性化合物。

我们通常采取3轮筛选程序以确保结果的准确性: 1). 药性筛选; 2)基于对接的虚拟筛选; 3). 由经验丰富的药物发现科学家进行人工筛选。

人工筛选是根据分子对接得分,同时考虑药物结合位点的三维结构特征(氢键、疏水性和亲水性等),选择具有高结合亲和力的命中。 参考现有药物的构效关系,努力保留具有重要和保守分子相互作用的命中,以及将更多新的核心结构化合物扩展到列表中。 然后将执行聚类分析以选择排名靠前的命中以用于以后的实验测试。

[/手风琴]

[手风琴标题=“基于药效团的虚拟筛选”]

Pharmacophore-based virtual screening (PBVS)是一种基于配体的药物设计,目前是一项成熟的技术,在药物化学实验室中被广泛接受。 从根本上说,核心思想是基于建立一个药效团模型,该模型是“空间和电子特征的集合,这是确保与特定生物靶结构的最佳超分子相互作用并触发(或阻止)其生物反应所必需的”。 由于其抽象性和简单性,3D 药效团模型代表了大型化合物库虚拟筛选的有效过滤器。 PBVS 通常用作 DBVS 的补充方法,用于小分子的预处理数据库(文库),以去除不具有已知对结合或通过对接方法选择的后过滤化合物必不可少的特征的化合物。

在PBVS运行过程中,由客户提供的1个或多个活性小分子的活性构象构建共享特征药效团模型。 然后根据大型化学库筛选该药效团模型,并将映射该模型的分子收集在虚拟命中列表中。 这些分子满足模型的要求,因此很可能在实验测试中发挥作用。 一些用于药效团作图的软件可以提供定量预测活性的方法,例如 3D QSAR 药效团模型。

[/手风琴]

Targetmol 虚拟筛选优势

  • 做强做精做久。 团队: Targetmol拥有一支经验丰富的筛选团队,拥有超过10年的计算药物开发经验,确保虚拟筛选结果的可靠性和专业性。
  • 丰富的化合物库: 超过20,000种固体化合物,分布在170多个化合物库中,满足不同客户的需求
  • 合理的价格:每个靶标和分子对接成本低于 0.01 美元!
  • 完善的售后服务:
  • 快速采购阳性化合物,提供活性检测服务。

想咨询有关服务吗?

联系我们

亚特兰蒂斯生物科学的差异 探索从实验室到床上的转化解决方案

得到支持 每当您需要时

您有什么疑问吗?

与我们的技术专家联系。

不要错过我们的。
在社交媒体上关注我们!